Nachdem Wagner den Unterricht an der Nikolaischule sträflich vernachlässigt hatte, und den Unterricht zuletzt ein halbes Jahr nicht mehr besuchte, verließ er die Schule 1830, denn es bestand keine Aussicht, dass die Schule ihn in seinem Wunsch an die Universität zu gehen, unterstützen würde. Zu Ostern 1830 wechselte er an die Thomasschule. Er verließ sie ohne Abschlußzeugnis um sich am 23. 2. 1831 als „Studiosus Musicæ“ an der Universität zu immatrikulieren. Ein weiteres Mal begab er sich in die Thomasschule als Schüler des Christian Theodor Weinlig (1780–1842), zu der Zeit Kantor an der Thomasschule zu Leipzig. Der Kompositionsunterricht bei Weinlig machte Wagner zum ernsthaften Studenten der Musik.